Su inicio data de 1951 con la llegada del Ingeniero Gonzalo Ortiz de Zárate, miembro numerario del Opus Dei, llegó a la Ciudad de Culiacán, al noroeste de la República Mexicana; iniciando así la labor apostólica fuera de la Ciudad de México. fue contratado por una empresa para construir sistemas de riego de esa región agrícola. Comenzó a dar clases de matemáticas en la Preparatoria de la Universidad Autónoma de Sinaloa. Su experiencia docente y el diálogo con empresarios y agricultores lo llevaron a promover entre sus amigos la fundación de una escuela de alto nivel académico y cultural: así se fundó el Patronato de los Colegios Chapultepec.

Con la generosidad del Ing. Ortiz de Zárate y los miembros del patronato se hizo posible la construcción del Instituto Chapultepec. Los cursos iniciaron en septiembre de 1956, un año después de que el Patronato hubiera puesto en marcha el Colegio Chapultepec para niñas.

A lo largo de estos años, las organizaciones civiles, empresariales y del sector público han tenido entre sus dirigentes a egresados del Instituto Chapultepec. También los frutos son incontables entre las familias que se han beneficiado de la formación que reciben en el ICH.